A gastrite atrófica ocorre quando os anticorpos atacam o revestimento mucoso do estômago, provocando o seu adelgaçamento e perda de muitas ou de todas as células produtoras de ácido e de enzimas. Esta perturbação afeta normalmente as pessoas mais velhas. Também tem tendência para ocorrer nas pessoas a quem foi extirpado parte do estômago (procedimento cirúrgico chamado gastrectomia parcial). A gastrite atrófica pode provocar anemia perniciosa porque interfere com a absorção da vitamina B12 presente nos alimentos.
